Rekonstrukce historického vývoje organismů v geologické minulosti Země byla až donedávna závislá výlučně na paleontologickém záznamu. Fosílie totiž jako jediné podávají přímý důkaz o tom, jak vypadali a jak se vyvíjeli živočichové a rostliny v dobách před mnoha miliony let. S rozvojem molekulárně biologických metod v posledních desetiletích se však objevila možnost zjišťovat genetické rozdíly mezi organismy. Tato možnost byla samozřejmě omezena jen na dnes žijící organismy, nicméně různě velké genetické rozdíly (genetické vzdálenosti) umožňovaly teoreticky rekonstruovat příbuzenské (fylogenetické) vztahy a jejich vývoj i ve vzdálenější minulosti. Po určitou dobu se myslelo, že tato metoda umožní kompenzovat nedostatky paleontologického záznamu (jeho fragmentární povahu a diskontinuitu). Záhy se však ukázalo, že fylogenetický vývoj dedukovaný z molekulárních dat recentních organismů v mnoha případech nesouhlasí s fylogenetickým vývojem rekonstruovaným na základě geologicky relativně přesně datovaných fosílií. Například postupný vznik savců z therapsidních plazů, dokumentovaný fosíliemi do pozdního triasu (před cca 210 miliony let) byl na základě genetických rozdílů mezi recentními obratlovci extrapolován do doby před více jak půlmiliardou let, tedy před samotný vznik obratlovců.
Proto se molekulární biologové v poslední době soustřeďují na to, zda by nebylo možné získat genetickou informaci přímo z fosílií. Ukázalo se, že přestože se genetická informace během procesu fosilizace záhy ztrácí, možné to je, ale pouze u fosílií pocházejících z relativně nedávné minulosti. Týmu britských a amerických vědců se podařilo izolovat mitochodriální DNA a kompletně sekvenovat jednu z bílkovin, která se podílí na procesu osifikace u savce, který žil před 55 tisíci lety. Tato bílkovina byla zjištěna v kostech až 120 tisíc let starých a lze tudíž předpokládat, že by tuto metodu bylo možné použít i u kostí starých až stovky tisíc let. V kontextu doby, po kterou existuje na Zemi život (přes 3,5 miliardy let), mnohobuněční živočichové (téměř 600 milionů let), obratlovci (více jak 500 milionů let) či samotní savci (210 milionů let) je to však stále žalostně málo.
